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El FIPRODEFO tiene la finalidad de realizar estudios, proyectos, programas y procesos que impulsen el desarrollo de los sectores forestal y agroforestal, entre otros, del Estado de Jalisco, mediante diversas acciones tales como:

• Impulsar trabajos, investigaciones y transferencia de tecnología con productores, instituciones académicas, y otras entidades, en áreas como la genética, control de plagas, manejo de bosques, industria forestal, bioenergía, entre otras.

•  Realizar el monitoreo de los recursos naturales, para cualificar y cuantificar su estado y los cambios, proveyendo así herramientas que permitan el tomar  acciones de protección, mitigación y restauración oportunas y eficaces.

•  Promover, impulsar, coadyuvar, intermediar con organismos afines públicos y privados, nacionales e internacionales (Ej. Conafor, etc.) para implementar plantaciones forestales, maderables y no maderables, así como agroforestales en el estado de Jalisco.

• Fomentar la producción, productividad e integrar las cadenas, mediante Investigación, transferencia de tecnología, a productores forestales y agroforestales, teniendo como visión el desarrollo sustentable de los recursos naturales del estado de Jalisco.